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teaching:angebio [2011-01-24 13:42]
Sven Rahmann
teaching:angebio [2015-09-11 13:40]
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-====== Einführung in die angewandte Bioinformatik ====== 
-  
-Dies sind die Seiten zur Vorlesung //​Einführung in die angewandte Bioinformatik//,​ die an der TU Dortmund im Sommersemester 2010 von Prof. Dr. Sven Rahmann gehalten wurde. 
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-===== Klausur ===== 
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-**24. Januar 2011** Die Wiederholungsklausur findet am 08. Februar 2011 von 9 bis 12 Uhr statt. 
-Eine persönliche Anmeldung (Eintragung mit Unterschrift!) ist erforderlich,​ und zwar hier: 
-<​code>​ 
-Frau Gundel Jankord 
-Sekretariat Lehrstuhl 11 
-Fakultät für Informatik 
-Otto-Hahn-Str. 14, Zi. 239 (2. Stock) 
-</​code>​ 
-Rückfragen bitte an [[http://​www.rahmannlab.de/​people/​rahmann|Prof. Rahmann]]. 
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-**23. Juli 2010** Alle, die die Klausur am 22.07.2010 mitgeschrieben haben, haben bestanden. 
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-===== Vorlesung ===== 
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-Die Vorlesung richtet sich an Studierende der chemischen Biologie im sechsten Semester. Der Dozent ist [[http://​www.rahmannlab.de/​|Prof. Dr. Sven Rahmann]], die Übungsgruppen werden betreut von [[:​staff:​martin|Dipl.-Inform. Marcel Martin]]. 
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-Die Vorlesung findet donnerstags von 12:​15--14:​00 Uhr in HS 3 (Gebäude Chemie) statt. 
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-=== Folien === 
-  - 15.04.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​01-einfuehrung.pdf|Einführung,​ KA/​KS-Analyse,​ Shell-Befehle]] 
-  - 22.04.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​02-datenbanken-literatur.pdf|Shell-Befehle,​ Datenbanken,​ Publizieren]] 
-  - 29.04.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​03-pubmed-r.pdf|Literaturdatenbanken,​ PubMed, Einführung in R]] 
-  - 06.05.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​04-nukleotiddb-r.pdf|Nukleotidsequenzdatenbanken,​ Fortsetzung zu R]] 
-  - 13.05.2010 ​ //​Himmelfahrt//​ 
-  - 20.05.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​05-r-datenanalyse.pdf|Datenanalyse mit der Shell und R]] 
-  - 27.05.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​06-proteindb.pdf|Proteindatenbanken]] 
-  - 03.06.2010 ​ //​Fronleichnam//​ 
-  - 10.06.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​07-alignment-blast.pdf|Sequenzähnlichkeit,​ Alignments, BLAST]] 
-  - 17.06.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​08-evalues-clustal-o-r.pdf|E-values,​ Multiples Alignment, Clustal, O-Notation, R]] 
-  - 24.06.2010 ​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​09-phylogenetik.pdf|Phylogenetik und Taxonomie]] 
-  - 01.07.2010 ​ Fortsetzung Phylogenetik,​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​10-struktur.pdf|RNA- und Proteinstruktur]] 
-  - 08.07.2010 ​ Fortsetzung Proteinstruktur,​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​11-microarrays.pdf|DNA Microarrays]] 
-  - 15.07.2010 ​ Fortsetzung Microarrays,​ [[http://​ls11-www.cs.uni-dortmund.de/​people/​rahmann/​teaching/​ss2010/​angebio/​12-netzwerke.pdf|Netzwerke]] 
-  - 22.07.2010 ​ Fragen zur Klausur. //​Nachmittags in der Übungsgruppe//:​ Klausur! 
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-===== Übungen ===== 
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-Alle Übungen finden donnerstags nach der Vorlesung in der [[:​contact|Otto-Hahn-Str. 14]], Raum U04 statt. 
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-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt01.pdf|Übungsblatt 1]] (22.04.2010);​ dazu [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​NC001143.fasta|NC001143.fasta]] 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt02.pdf|Übungsblatt 2]] (29.04.2010) 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt03.pdf|Übungsblatt 3]] (06.05.2010) 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt04.pdf|Übungsblatt 4]] (20.05.2010);​ dazu [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​klausur.dat|klausur.dat]] 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt05.pdf|Übungsblatt 5]] (27.05.2010) 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt06.pdf|Übungsblatt 6]] (10.06.2010);​ dazu [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​fragment.fasta|fragment.fasta]] und [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​unbekannt.fasta|unbekannt.fasta]] 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt07.pdf|Übungsblatt 7]] (17.06.2010);​ dazu [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​six_proteins.fasta|six_proteins.fasta]] 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt09.pdf| Übungsblatt 9]] (01.07.2010) 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt10.pdf| Übungsblatt 10]] (08.07.2010);​ dazu [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​let7a.fa|let7a.fa]] und [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​lba.phy|lba.phy]] 
-  * [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​blatt11.pdf| Übungsblatt 11]] (15.07.2010);​ dazu [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​gsm47459.txt|gsm47459.txt]] und [[/​people/​martin/​bioinfo-2010/​gsm47468.txt|gsm47468.txt]] 
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-http://​tiny.cc/​xbdrv 
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-**09.10.2009** 
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-[[noten|Die Ergebnisse der Klausur vom 24.09. sind online.]] Die Klausureinsicht findet am 14.10.2009 von 10-11 Uhr in der Otto-Hahn-Str. 14 im Raum 203 statt. Wenn Sie zu diesem Termin verhindert sind, können Sie sich auch zu Prof. Rahmanns Sprechstunde anmelden, die normalerweise Montag von 16-17 Uhr stattfindet. Schreiben Sie unbedingt vorher eine E-Mail. 
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-[[# Uebungen]] 
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-[[# RBeratung]] 
-+ Zusätzliche Hilfe und Beratung zu R 
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-Alternativ können Sie **jederzeit** Fragen per E-Mail an angebio@lists.cs.tu-dortmund.de schicken! 
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-+++ Vorlesungsfolien 
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-  * 16.04.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​OrganisationBioinformatikUnix.pdf| ​ Organisation,​ Allgemeines zur Bioinformatik,​ Unix-Shell] 
-  * 30.04.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​DatenbankenLiteratur.pdf| ​ Datenbanken,​ Publizieren,​ Literatursuche] 
-  * 07.05.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​NukleotidsequenzDB.pdf| ​ Nukleotid-Sequenz-Datenbanken] 
-  * 14.05.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​ProteinsequenzDB.pdf| ​ Protein-Sequenz-Datenbanken] 
-  * 28.05.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​AlignmentBLAST.pdf| ​ Sequenzähnlichkeit,​ Alignments und BLAST] 
-  * 04.06.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​AlgorithmikMultiplesAlignment.pdf| Multiples Alignment]] und [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​PhylogenetikTaxonomie.pdf Phylogenetik] 
-  * 18.06.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​AlgorithmikMultiplesAlignment.pdf| Algorithmik]] und [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​PhylogenetikTaxonomie.pdf Taxonomie und Phylogenetik] 
-  * 25.06.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​Struktur.pdf| RNA- und Proteinstruktur] 
-  * 09.07.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​Microarrays.pdf| DNA Microarrays] 
-  * 16.07.2009: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​Netzwerke.pdf| Netzwerke] 
-  * Begleitend: [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​RKurs.pdf| ​ Einführung in R]] (Stand:​09.07.2009) 
-    * Beispieldatei [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​reads.qual| reads.qual]] (FASTA-ähnliches Format; 80 MB) 
-    * Beispieldatei [[/​people/​rahmann/​teaching/​ss2009/​angebio/​q.txt| q.txt]] (Tabelle; 67 MB) 
- 
-+++ Planung 
-  * 16.07.2009: Netzwerke 
-  * 23.07.2009: Fragestunde zur Klausur (nachmittags Klausur!) 
-*/ 
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-===== Links ===== 
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-==== Allgemein ==== 
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- 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​|National Center for Biotechnology Information (NCBI)]] 
-  * [[http://​www.ebi.ac.uk/​|European Bioinformatics Institute]] 
-  * [[http://​bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/​|Bielefeld University Bioinformatics Server]] 
- 
-==== Literaturdatenbanken ==== 
- 
- 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sites/​entrez?​db=pubmed| PubMed]] 
-    * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bookshelf/​br.fcgi?​book=helppubmed&​part=pubmedhelp#​pubmedhelp.Search_Field_Descrip|Hilfe zu Search Field Tags]] 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sites/​entrez?​db=mesh| MeSH]] 
-  * [[http://​www.pubmedcentral.nih.gov/​|PubMedCentral]] 
-  * [[http://​scientific.thomson.com/​products/​wos|Web of Science]] 
-  * [[http://​www.isiknowledge.com/​|ISI Web of Knowledge]] 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​Taxonomy/​taxonomyhome.html/​|NCBI Taxonomy Home Page]] 
-  * [[http://​journalseek.net/​|JournalSeek]] 
- 
-==== Gen- und Proteindatenbanken ==== 
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- 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​|NCBI]] 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​|Entrez Cross-database Search]] ​ 
-  * [[http://​www.uniprot.org/​|UniProt Knowledgebase]] 
-  * [[http://​srs.ebi.ac.uk/​|Sequence Retrieval System (SRS)]] 
-  * [[http://​217.169.56.209/​nar/​database/​c| Datenbankliste bei Nucleic Acids Research (NAR)]] 
-  * [[http://​www.rcsb.org/​pdb/​home/​home.do| RCSB Protein Data Bank (PDB)]] 
-  * [[http://​www.bioinf.manchester.ac.uk/​dbbrowser/​PRINTS| PRINTS Database]] 
-  * [[http://​www.cathdb.info/​| CATH Protein Structure Classification]] 
-  * [[http://​www.wwpdb.org/​| World Wide Protein Databank]] 
-  * [[http://​genome.ucsc.edu/​| The UCSC Genome Browser]] 
-  * [[http://​pfam.sanger.ac.uk/​|Pfam Protein Domains]] 
-  * [[http://​www.brenda-enzymes.info/​|BRENDA]] 
- 
-==== Werkzeuge ==== 
- 
- 
-  * [[http://​expasy.org/​| ExPASy Proteomics Server]] ([[http://​expasy.org/​tools/​peptidecutter/​|PeptideCutter]],​ [[http://​expasy.org/​tools/​protparam.html|ProtParam]]) 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​BLAST| NCBI BLAST]] 
-  * [[http://​www.ebi.ac.uk/​clustalw| CLUSTAL]] 
-  * [[http://​rna.tbi.univie.ac.at/​cgi-bin/​RNAfold.cgi| RNAfold]] 
-  * [[http://​myhits.isb-sib.ch/​cgi-bin/​dotlet| Dotlet]] 
-  * [[http://​www.ebi.ac.uk/​emboss/​|EMBOSS Tools]] 
-  * [[http://​scratch.proteomics.ics.uci.edu/​|Scratch Protein Predictor]] 
-  * [[http://​bioinf.cs.ucl.ac.uk/​psipred/​|PSIpred]] 
-  
- 
- ==== Phylogenetik ==== 
- 
-  * [[http://​evolution.genetics.washington.edu/​phylip/​software.html|Phylogeny Programs Overview]] 
-  * [[http://​www.tolweb.org/​tree/​|Tree of Life]] 
-  * [[http://​mobyle.pasteur.fr/​|Mobyle-Portal]] 
- 
-==== Genexpression ==== 
- 
-  * [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​geo/​|Gene Expression Omnibus (GEO)]] 
- 
- ==== Biologische Netzwerke und Pathwayanalyse ==== 
- 
-  * [[http://​www.pathguide.org/​|Pathguide]] 
-  * [[http://​www.genome.ad.jp/​kegg/​pathway.html| KEGG Pathway]] 
-  * [[http://​ecocyc.org/​|EcoCyc]] 
-  * [[http://​www.biobase-international.com/​pages/​index.php?​id=transpath| TransPath]] 
-  * [[http://​sbml.org/​|Systems Biology Markup Language (SBML)]] 
- 
-==== Statistische Analyse mit R ==== 
- 
-  * [[http://​www.r-project.org/​|Hauptseite des R-Projektes]] 
-  * [[http://​www.cyclismo.org/​tutorial/​R/​|Ein englischsprachiges R-Tutorial]] 
-  * [[http://​www.math.ilstu.edu/​dhkim/​Rstuff/​Rtutor.html| Und noch ein weiteres Tutorial]] 
-  * R für Windows herunterladen:​ http://​mirrors.softliste.de/​cran/​bin/​windows/​base/​ 
  
 
Last modified: 2015-09-11 13:40 (external edit)
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