Dies sind die Seiten zur Vorlesung Einführung in die angewandte Bioinformatik, die an der TU Dortmund im Sommersemester 2010 von Prof. Dr. Sven Rahmann gehalten wurde.

24. Januar 2011 Die Wiederholungsklausur findet am 08. Februar 2011 von 9 bis 12 Uhr statt, und zwar im bekannten Praktikumsraum (Otto-Hahn-Str. 14, Raum U04).

Es wird zwei Termine geben: 09:00 Uhr und 10:30 Uhr. Sie werden eine Stunde Zeit zur Klausurbearbeitung haben. Zunächst wird nur der 09:00-Uhr-Termin belegt. Rückfragen bitte an Prof. Rahmann.

Eine persönliche Anmeldung (Eintragung mit Unterschrift!) ist erforderlich, und zwar hier:

Frau Gundel Jankord
Sekretariat Lehrstuhl 11
Fakultät für Informatik
Otto-Hahn-Str. 14, Zi. 239 (2. Stock)

23. Juli 2010 Alle, die die Klausur am 22.07.2010 mitgeschrieben haben, haben bestanden.

Die Vorlesung richtet sich an Studierende der chemischen Biologie im sechsten Semester. Der Dozent ist Prof. Dr. Sven Rahmann, die Übungsgruppen werden betreut von Dipl.-Inform. Marcel Martin.

Die Vorlesung findet donnerstags von 12:15–14:00 Uhr in HS 3 (Gebäude Chemie) statt.

1. 15.04.2010 Einführung, KA/KS-Analyse, Shell-Befehle
2. 22.04.2010 Shell-Befehle, Datenbanken, Publizieren
3. 29.04.2010 Literaturdatenbanken, PubMed, Einführung in R
4. 06.05.2010 Nukleotidsequenzdatenbanken, Fortsetzung zu R
5. 13.05.2010 Himmelfahrt
6. 20.05.2010 Datenanalyse mit der Shell und R
7. 27.05.2010 Proteindatenbanken
8. 03.06.2010 Fronleichnam
9. 10.06.2010 Sequenzähnlichkeit, Alignments, BLAST
10. 17.06.2010 E-values, Multiples Alignment, Clustal, O-Notation, R
11. 24.06.2010 Phylogenetik und Taxonomie
12. 01.07.2010 Fortsetzung Phylogenetik, RNA- und Proteinstruktur
13. 08.07.2010 Fortsetzung Proteinstruktur, DNA Microarrays
14. 15.07.2010 Fortsetzung Microarrays, Netzwerke
15. 22.07.2010 Fragen zur Klausur. Nachmittags in der Übungsgruppe: Klausur!

Alle Übungen finden donnerstags nach der Vorlesung in der Otto-Hahn-Str. 14, Raum U04 statt.

• Übungsblatt 1 (22.04.2010); dazu NC001143.fasta
• Übungsblatt 2 (29.04.2010)
• Übungsblatt 3 (06.05.2010)
• Übungsblatt 4 (20.05.2010); dazu klausur.dat
• Übungsblatt 5 (27.05.2010)
• Übungsblatt 6 (10.06.2010); dazu fragment.fasta und unbekannt.fasta
• Übungsblatt 7 (17.06.2010); dazu six_proteins.fasta
• Übungsblatt 9 (01.07.2010)
• Übungsblatt 10 (08.07.2010); dazu let7a.fa und lba.phy
• Übungsblatt 11 (15.07.2010); dazu gsm47459.txt und gsm47468.txt

• National Center for Biotechnology Information (NCBI)
• European Bioinformatics Institute
• Bielefeld University Bioinformatics Server

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