I am a PhD student at TU Dortmund, Department of Computer Science, Chair of Algorithm Engineering within the group Bioinformatics for High-Throughput Technologies of Prof. Dr. Sven Rahmann.

• Winter 2011/12: Einführung in die Informatik für Logistiker und Wirtschaftsingenieure
• Summer 2010: Einführung in die angewandte Bioinformatik
• Winter 2009/10: Einführung in die Informatik für Logistiker und Wirtschaftsingenieure
• Summer 2009: Einführung in die angewandte Bioinformatik
• Winter 2008/9: Einführung in die Informatik für Logistiker und Wirtschaftsingenieure
• Summer 2008: Einführung in die angewandte Bioinformatik
• Winter 2007/8: Einführung in die Informatik für Logistiker und Wirtschaftsingenieure

Jing-Woei Li, Keith Robison, Marcel Martin, Andreas Sjödin, Björn Usadel, Matthew Young, Eric C. Olivares, Dan M. Bolser.
SEQanswers wiki: a wiki database of tools for high-throughput sequencing analysis
Nucleic Acids Research, 2012, 40(D1):D1313-D1317.
DOI: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkr1058

Marcel Martin.
Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads
In EMBnet.journal, North America, 17, May 2011

Johannes H. Schulte, Tobias Marschall, Marcel Martin, Philipp Rosenstiel, Pieter Mestdagh, Stefanie Schlierf, Theresa Thor, Jo Vandesompele, Angelika Eggert, Stefan Schreiber, Sven Rahmann and Alexander Schramm.
Deep sequencing reveals differential expression of microRNAs in favorable versus unfavorable neuroblastoma
DOI: 10.1093/nar/gkq342

Marcel Martin, Jonathan Maycock, Florian Paul Schmidt, Oliver Kramer.
Recognition of Manual Actions Using Vector Quantization and Dynamic Time Warping.
In Proceedings of 5th Int. Conf. on Hybrid Artificial Intelligence Systems (HAIS 2010) 221-228.

Michael Zeschnigk, Marcel Martin, Gisela Betzl, Andreas Kalbe, Caroline Sirsch, Karin Buiting, Stephanie Gross, Epameinondas Fritzilas, Bruno Frey, Sven Rahmann and Bernhard Horsthemke.
Massive parallel bisulfite sequencing of CG-rich DNA fragments reveals that methylation of many X-chromosomal CpG islands in female blood DNA is incomplete.
DOI: 10.1093/hmg/ddp054

Sebastian Böcker, Zsuzsanna Lipták, Marcel Martin, Anton Pervukhin, Henner Sudek.
DECOMP—from interpreting Mass Spectrometry peaks to solving the Money Changing Problem.
Bioinformatics 24(4):591-593 (2008).
DOI: 10.1093/bioinformatics/btm631

Sven Rahmann, Tobias Wittkop, Jan Baumbach, Marcel Martin, Anke Truß, and Sebastian Böcker.
Exact and Heuristic Algorithms for Weighted Cluster Editing.
In Proceedings of the Conference Computational Systems Bioinformatics, volume 6, pages 391–401, August 2007.

Thomas Plötz, Gernot A Fink, Peter Husemann, Sven Kanies, Kai Lienemann, Tobias Marschall, Marcel Martin, Lars Schillingmann, Matthias Steinrücken, Henner Sudek.
Automatic Detection of Song Changes in Music Mixes Using Stochastic Models. Proc. of the Int. Conf. on Pattern Recognition (ICPR'06)
DOI: 10.1109/ICPR.2006.297

Tobias Marschall, Marcel Martin, and Sven Rahmann. Extending SeqAn with a BWT-based suffix array construction. In Knut Reinert and Andreas Gogol-Döring, editors, Biological Sequence Analysis Using the Seqan C++ Library. CRC Press Inc, to appear. ISBN 142007623X.

Sorting by block interchanges: http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/sbbi/

My CiteULike library

• Die Folien zu meinem Vortrag "Erste Schritte mit Git" (Taste 't' drücken, um zwischen Slideshow und Komplettansicht umzuschalten)
• Der Markdown-Quellcode

Die Folien wurden im Markdown-Format geschrieben und mit pandoc in eine S5-Präsentation im HTML-Format konvertiert. Die Befehlzeile lautet:

pandoc --smart -s -m --offline -t s5 erste-schritte-mit-git.md | sed 's|text-transform: capitalize;||' > erste-schritte-mit-git.html

Dieser Vortrag wurde von mir auf der PyCon DE 2011 in Leipzig gehalten.

• Die Folien als PDF
• Das Video des Vortrags

• Die Folien zu meinem lehrstuhlinternen PyDay-Vortrag (Taste 't' drücken, um zwischen Slideshow und Komplettansicht umzuschalten)
• Der Markdown-Quellcode