Proseminar Grundlegende Algorithmen der Bioinformatik

Wintersemester 2008/09

Veranstalter: Sven Rahmann (vorname.nachname[at]uni-dortmund.de)
Voraussetzungen: die DAP1-Vorlesung / laut Modulhandbuch
Teilnehmerzahl: maximal 15
Termin: Do 12-14 (ab 16.10.) Raum: OH14, Raum 202

Vorbesprechung: Mittwoch 16.07.08, 14ct, in OH14, Raum 202
Wer zu diesem Termin aus triftigen Gründen nicht kommen kann, aber trotzdem teilnehmen möchte, muss sich bei mir vorher per e-mail mit Begründung entschuldigen lassen. Andernfalls wird sie/er automatisch vom Proseminar ausgeschlossen.

Themen, Termine und Literatur: in dieser Datei.
Bitte ggf. den RELOAD-Butten benutzen, um die aktuellste Version zu erhalten.
Nutzen Sie die UB zur Literaturrecherche!
Beachten Sie bei der Ausarbeitung bitte die Richtlinien zur Foliengestaltung, die Markus Chimani zusammengestellt hat.
Aktuell! Einführung in die Bibliotheksbenutzung und Literaturrecherche am Mittwoch 22.10., dafür kein Treffen am 23.10.

Ein LaTeX-Muster zum Herunterladen als zip (entpacken und 'make' aufrufen). Ein pdf des Dokuments.
Das Dokument kann unter linux u.ä. einfach mit make erstellt werden (sowohl dvi als auch pdf). Nennen Sie Ihr Kapitel gemäß Ihrer Themennummer, z.B. 07.tex. Das Hauptdokument ist GrundlegendeBioinformatik.tex. Binden Sie Ihr Kapitel einfach dort ein. Schicken Sie abschließend nur Ihre .tex-Datei und ggf. das Subdirectory mit Ihren zusätzlichen Dateien (Abbildungen, etc.).

Inhalt:
Wir besprechen grundlegende Algorithmen in der Bioinformatik, die sich anhand von Lehrbuchmaterial leicht selbst erarbeiten lassen.
Es werden dazu keine umfangreichen Biologie-Kenntnisse vorausgesetzt, wohl aber molekularbiologische Kenntnisse, wie sie im Umfang eines Oberstufen-Grund- oder Leistungskurses üblicherweise erworben werden: Man sollte in etwa wissen, was sich hinter DNA und Proteinen verbirgt.
Die Themen umfassen u.a. probabilistische Modelle für molekulare Biosequenzen, Dotplots, Sequenzalignment-Algorithmen, schnelle Sequenz-Datenbanksuche, Modellierung von Proteinfamilien mit Hidden Markov Modellen, RNA-Strukturvorhersage, Phylogenetik (Rekonstruktion evolutionärer Stammbäume), Genstruktur und Genvorhersage, Vorhersage von Transkriptionsfaktorbindestellen.
Genaueres wird bei der Vorbesprechung erklärt.

Literaturrecherche und Präsentationstechniken:
Im Rahmen dieses Proseminars wird es einen Termin zur Einführung in die Literaturrecherche in der Universitätsbibliothek geben. Dieser ist verpflichtend.
Für Bachelor-StudentInnen ist ein zusätzlicher Kursteil (1 SWS) über Präsentationstechniken verpflichtend; hierzu gibt es später noch genauere Informationen.

Ablauf:

• Die Anmeldung erfolgt über das zentrale Verfahren.

• Die Vorträge sollen anhand der ausgegebenen Literatur vorbereitet werden, aber diese nicht einfach wiedergeben. Die Einarbeitung in die vorgeschlagene und bei Bedarf auch weitere Literatur erfolgt selbstständig, d.h., nicht im Rahmen einer Vorlesung o.Ä.

• Der Veranstalter übernimmt die fachliche Betreuung, d.h. er steht für inhaltliche Fragen und Fragen zur Vortragsgestaltung, nicht jedoch zur technischen Betreuung zur Verfügung.

• Eine in LaTeX erstellte Zusammenfassung des Vortragsthemas von ca. 5 Seiten ist bis spätestens 2 Wochen nach dem Vortrag beim Veranstalter abzugegeben. Diese sollte sorgfältig erstellt werden und den wesentlichen Inhalt des Vortragsthemas in eigenen Worten(!) prägnant darstellen.

• Jeder Teilnehmer und jede Teilnehmerin ist Pate für den Vortrag und die Zusammenfassung eines anderen Teilnehmers. Erst wenn der Pate oder die Patin die Zusammenfassung korrekturgelesen und inhaltlich verstanden hat, wird diese beim Veranstalter abgegeben. Die Zusammenfassungen werden anschließend an alle Seminarteilnehmerinnen und -teilnehmer verteilt.

• Spätestens 2 Wochen vor dem Vortrag findet eine Zwischenbesprechung statt. Spätestens bis zu diesem Termin sollen alle inhaltlichen Fragen der jeweiligen Teilnehmer und Teilnehmerinnen geklärt sein. Bei der Zwischenbesprechung stellt der Veranstalter Fragen zum Vortragsthema, um sicherzustellen, dass der Stoff verstanden worden ist. Ein schlüssiges Vortragskonzept mit den wesentlichen Aussagen der zugrundeliegenden Literatur soll vorgestellt werden. Ein erster Entwurf der Vortragsfolien soll hierzu vorliegen! Dieser Entwurf sollte vom Paten begutachtet und für gut befunden worden sein! Die Richtlinen zur Foliengestaltung sind dabei zu beachten.

• Eine ausreichende Zusammenfassung und eine ausreichende Zwischenbeprechung ist Voraussetzung für einen Proseminarvortrag.

Stand: 15.10.2008 - Sven Rahmann, nach einer Vorlage von Beate Bollig