Proseminar Grundlegende Algorithmen der Bioinformatik
Prof. Dr. Sven Rahmann
Informatik Ls11, TU Dortmund

Termin: Do 12-14 in OH14/R202

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Teilnehmer und Themenzuordnung, Daten
Die Zuordnung ist vorläufig!


00 Vorbemerkungen, LaTeX      16.10. (abwesend: 03, 07, 10)
00 Bibliotheksfuehrung         Mi!! 22.10., 16:00 Bib, Pflicht!!
00 [KEIN TERMIN!]              23.10.
00 [KEIN TERMIN!]              30.10.
00 [Fachschaftsvollvers.]      06.11.
01 Shane Mills                 13.11.
02 Sven Radetzky               20.11.
03 Sven Rahmann                27.11.
00 [Trauerfeier Prof. Wegener] 04.12.
04 Olivier Dounla Woumpe       11.12.
05 Andrew Quinn                18.12.
06 Ettiboa Adouakou            08.01.
07 Manuel Allhoff              15.01.
08 Jakulj Domagoj              22.01.
09 ---
10 Kada Benadjemia             29.01.

Weitere Termine sind noch festzulegen.
Abgebrochen: 
- Yong Gu

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Themen (in dieser Reihenfolge):

01 Sequenzmodelle, Simulation zufaelliger Sequenzen: Alias-Methode
Literatur: Kapitel 1-3 von [4]; Abschnitt 2.3.5 von [3]

02 Dotplots, Filterung, Darstellung
Literatur: Kapitel 3 in [2],
es wird erwartet, eigene Experimente mit Dot-Plot-Software zu machen.

03 Edit-Distanz, gloabes Sequenzalignment
Literatur: Abschnitte 2.1 bis 2.4 von [1]
           ggf. auch Kapitel 3 in [2]
Vortrag mit 04 koordinieren

04 lokales Sequenzalignment, beliebige und affine Gapkosten
Literatur: Abschnitte 2.3 bis 2.6 von [1]
           ggf. auch Kapitel 3 in [2]
Vortrag mit 03 koordinieren

05 suboptimale Alignments: Waterman-Eggert
Literatur: Originalliteratur kann bei mir abgeholt werden.

06 BLAST
Literatur: Abschnitt 2.5 in [1]; vor allem Kapitel 6 in [2] ab S.248

07 HMMs, Viterbi-Algorithmus, Forward-Backward-Algorithmus
Literatur: Kapitel 3 in [1]; mit 08 koordinieren

08 HMMs, HMM-Training durch Baum-Welch Algorithmus
Literatur: Kapitel 3 in [1]; mit 07 koordinieren

09 RNA-Struktur: Nussinov
Literatur: 10.1 und 10.2 in [1] 

10 Phylogenetik: Perfekte Phylogenien
Literatur: Abschnitte 1 - 4 in [5]; kann bei mir ausgeliehen werden

11 Phylogenetik: Das kleine Parsimony-Problem
Literatur: [1]

12 Phylogenetik: Distanzen, UPGMA
Literatur: [1]

13 eukaryotische Genstruktur
Literatur: [2]

14 Gene-Finding (Augustus?)
Literatur: [2]

15 PWMs, Aufzaehlen der kompatiblen Woerter, permuted lookahead-scoring, p-value-Berechnung
Literatur: [2]

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Literatur:
 
[1] Durbin, Eddy, Krogh & Mitchison:
    Biological Sequence Analysis (Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids), 1. Auflage von 1998
    Cambridge University Press
    http://www.amazon.de/Biological-Sequence-Analysis-Probabilistic-Proteins/dp/0521629713

[2] Mount:
    Bioinformatics (Sequence and Genome Analysis), 2. Auflage von 2004
    Cold Spring Harbor Laboratory Press
    http://www.amazon.de/Bioinformatics-Sequence-Analysis-David-Mount/dp/0879697121

[3] Neal Madras:
    Lectures on Monte-Carlo Methods, 1. Auflage von 2002
    American Mathematical Society - Fields Institute Monographs
    Material kann bei mir eingesehen werden.

[4] Robin, Rodolphe, Schbath:
    DNA, Words and Models, 1. Auflage von 2005
    Cambridge University Press
    Material kann bei mir eingesehen werden.

[5] David Fernandez-Baca:
    The Perfect Phylogeny Problem
    aus: Steiner Trees in Industries, D.-Z. Du and X. Cheng (Eds.), 2000
    Kluwer Academic Publishers

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