Diese Veranstaltung ist ein Proseminar für Studierende im Grundstudium.
Inhalt des Seminars
Wir beschäftigen uns in diesem Proseminar mit algorithmischen Fragestellungen
zur Bioinformatik. Das verwendete Buch von Jones und Pevzner ist zur Einführung
in dieses Gebiet sehr gut geeignet. Es enthält einführende Kapitel zu
Algorithmen und zur Molekularbiologie. Die einzelnen Kapitel widmen sich verschiedenen
Algorithmenklassen, wie z.B. Branch-and-Bound Algorithmen, Greedy Algorithmen,
Dynamische Programmierung, Divide-and-Conquer, Graphenalgorithmen, Pattern Matching,
Clustering, Hidden Markov Models, und Randomisierte Algorithmen. Jedes Kapitel
enthält ein oder mehrere Anwendungsbeispiele für die jeweilige Algorithmenklasse.
Ablauf des Seminars
Alle Teilnehmer halten einen ca. 45-minütigen Vortrag über ein
festgelegtes Thema; im Anschluss folgt eine ca. 15-minütige Diskussion
über Thema und Vortrag. Die schriftliche Ausarbeitung umfasst ca. 5-10 Seiten.
Es folgen die zur Auswahl stehenden Proseminar-Themen mit den jeweiligen Kapitelnummern;
die umfangreicheren Abschnitte können auch von 2-3 Teilnehmern bearbeitet werden.
Einführung (3.1-3.11)
Restriction Mapping (4.1-4.3)
Motif Finding (4.4-4.10)
Genome Rearrangements (5.1-5.6))
DNA Sequenzenvergleich, Gene Prediction (6.11-6.14)
Sequenzenalignierung (7.1-7.5))
DNA Sequenzierung (8.3-8.7)
Fragment Assembly (8.9)
Protein Sequenzierung (8.10-8.16)
Gene Expression Analysis (10.1-10.4)
Evolutionary Trees (10.5-10.11)
Anmeldung
Die Voranmeldung zur Vorbesprechung sollte bis zum 13. Dezember via Email erfolgen:
<petra.mutzel .cs.uni-dortmund.de>
Die Vorbesprechung fand am 15.12.1004 statt.
Ansprechpartner
Bei Fragen zu dieser Veranstaltung, wenden Sie sich bitte an Carsten Gutwenger
<carsten.gutwenger .cs.uni-dortmund.de>
oder Karsten Klein
<karsten.klein .cs.uni-dortmund.de>.
Literatur
Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
Bradford Book, The MIT Press, Cambridge, 2004, siehe auch www.bioalgorithms.info.
<webmaster ls11.cs.tu-dortmund.de>
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