Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- teaching:angebio [2015-09-11 13:40]
+++ teaching:angebio [2015-09-11 13:40] (current)
@@ Line 1: / Line 1: @@
+====== Einführung in die angewandte Bioinformatik ======
+Dies sind die Seiten zur Vorlesung //Einführung in die angewandte Bioinformatik//, die an der TU Dortmund im Sommersemester 2010 von Prof. Dr. Sven Rahmann gehalten wurde.
+===== Klausur =====
+**24. Januar 2011** Die Wiederholungsklausur findet am 08. Februar 2011 von 9 bis 12 Uhr statt,
+und zwar im bekannten Praktikumsraum (Otto-Hahn-Str. 14, Raum U04).
+Es wird zwei Termine geben: 09:00 Uhr und 10:30 Uhr.
+Sie werden eine Stunde Zeit zur Klausurbearbeitung haben.
+Zunächst wird nur der 09:00-Uhr-Termin belegt.
+Rückfragen bitte an [[http://www.rahmannlab.de/people/rahmann|Prof. Rahmann]].
+Eine persönliche Anmeldung (Eintragung mit Unterschrift!) ist erforderlich, und zwar hier:
+<code>
+Frau Gundel Jankord
+Sekretariat Lehrstuhl 11
+Fakultät für Informatik
+Otto-Hahn-Str. 14, Zi. 239 (2. Stock)
+</code>
+**23. Juli 2010** Alle, die die Klausur am 22.07.2010 mitgeschrieben haben, haben bestanden.
+===== Vorlesung =====
+Die Vorlesung richtet sich an Studierende der chemischen Biologie im sechsten Semester. Der Dozent ist [[http://www.rahmannlab.de/|Prof. Dr. Sven Rahmann]], die Übungsgruppen werden betreut von [[:staff:martin|Dipl.-Inform. Marcel Martin]].
+Die Vorlesung findet donnerstags von 12:15--14:00 Uhr in HS 3 (Gebäude Chemie) statt.
+=== Folien ===
+  - 15.04.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/01-einfuehrung.pdf|Einführung, KA/KS-Analyse, Shell-Befehle]]
+  - 22.04.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/02-datenbanken-literatur.pdf|Shell-Befehle, Datenbanken, Publizieren]]
+  - 29.04.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/03-pubmed-r.pdf|Literaturdatenbanken, PubMed, Einführung in R]]
+  - 06.05.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/04-nukleotiddb-r.pdf|Nukleotidsequenzdatenbanken, Fortsetzung zu R]]
+  - 13.05.2010  //Himmelfahrt//
+  - 20.05.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/05-r-datenanalyse.pdf|Datenanalyse mit der Shell und R]]
+  - 27.05.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/06-proteindb.pdf|Proteindatenbanken]]
+  - 03.06.2010  //Fronleichnam//
+  - 10.06.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/07-alignment-blast.pdf|Sequenzähnlichkeit, Alignments, BLAST]]
+  - 17.06.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/08-evalues-clustal-o-r.pdf|E-values, Multiples Alignment, Clustal, O-Notation, R]]
+  - 24.06.2010  [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/09-phylogenetik.pdf|Phylogenetik und Taxonomie]]
+  - 01.07.2010  Fortsetzung Phylogenetik, [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/10-struktur.pdf|RNA- und Proteinstruktur]]
+  - 08.07.2010  Fortsetzung Proteinstruktur, [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/11-microarrays.pdf|DNA Microarrays]]
+  - 15.07.2010  Fortsetzung Microarrays, [[http://ls11-www.cs.tu-dortmund.de/people/rahmann/teaching/ss2010/angebio/12-netzwerke.pdf|Netzwerke]]
+  - 22.07.2010  Fragen zur Klausur. //Nachmittags in der Übungsgruppe//: Klausur!
+===== Übungen =====
+Alle Übungen finden donnerstags nach der Vorlesung in der [[:contact|Otto-Hahn-Str. 14]], Raum U04 statt.
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt01.pdf|Übungsblatt 1]] (22.04.2010); dazu [[/people/martin/bioinfo-2010/NC001143.fasta|NC001143.fasta]]
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt02.pdf|Übungsblatt 2]] (29.04.2010)
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt03.pdf|Übungsblatt 3]] (06.05.2010)
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt04.pdf|Übungsblatt 4]] (20.05.2010); dazu [[/people/martin/bioinfo-2010/klausur.dat|klausur.dat]]
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt05.pdf|Übungsblatt 5]] (27.05.2010)
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt06.pdf|Übungsblatt 6]] (10.06.2010); dazu [[/people/martin/bioinfo-2010/fragment.fasta|fragment.fasta]] und [[/people/martin/bioinfo-2010/unbekannt.fasta|unbekannt.fasta]]
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt07.pdf|Übungsblatt 7]] (17.06.2010); dazu [[/people/martin/bioinfo-2010/six_proteins.fasta|six_proteins.fasta]]
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt09.pdf| Übungsblatt 9]] (01.07.2010)
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt10.pdf| Übungsblatt 10]] (08.07.2010); dazu [[/people/martin/bioinfo-2010/let7a.fa|let7a.fa]] und [[/people/martin/bioinfo-2010/lba.phy|lba.phy]]
+  * [[/people/martin/bioinfo-2010/blatt11.pdf| Übungsblatt 11]] (15.07.2010); dazu [[/people/martin/bioinfo-2010/gsm47459.txt|gsm47459.txt]] und [[/people/martin/bioinfo-2010/gsm47468.txt|gsm47468.txt]]
+/*
+http://tiny.cc/xbdrv
+**09.10.2009**
+[[noten|Die Ergebnisse der Klausur vom 24.09. sind online.]] Die Klausureinsicht findet am 14.10.2009 von 10-11 Uhr in der Otto-Hahn-Str. 14 im Raum 203 statt. Wenn Sie zu diesem Termin verhindert sind, können Sie sich auch zu Prof. Rahmanns Sprechstunde anmelden, die normalerweise Montag von 16-17 Uhr stattfindet. Schreiben Sie unbedingt vorher eine E-Mail.
+[[# Uebungen]]
+[[# RBeratung]]
++ Zusätzliche Hilfe und Beratung zu R
+Alternativ können Sie **jederzeit** Fragen per E-Mail an angebio@lists.cs.tu-dortmund.de schicken!
++++ Vorlesungsfolien
+  * 16.04.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/OrganisationBioinformatikUnix.pdf|  Organisation, Allgemeines zur Bioinformatik, Unix-Shell]
+  * 30.04.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/DatenbankenLiteratur.pdf|  Datenbanken, Publizieren, Literatursuche]
+  * 07.05.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/NukleotidsequenzDB.pdf|  Nukleotid-Sequenz-Datenbanken]
+  * 14.05.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/ProteinsequenzDB.pdf|  Protein-Sequenz-Datenbanken]
+  * 28.05.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/AlignmentBLAST.pdf|  Sequenzähnlichkeit, Alignments und BLAST]
+  * 04.06.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/AlgorithmikMultiplesAlignment.pdf| Multiples Alignment]] und [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/PhylogenetikTaxonomie.pdf Phylogenetik]
+  * 18.06.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/AlgorithmikMultiplesAlignment.pdf| Algorithmik]] und [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/PhylogenetikTaxonomie.pdf Taxonomie und Phylogenetik]
+  * 25.06.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/Struktur.pdf| RNA- und Proteinstruktur]
+  * 09.07.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/Microarrays.pdf| DNA Microarrays]
+  * 16.07.2009: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/Netzwerke.pdf| Netzwerke]
+  * Begleitend: [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/RKurs.pdf|  Einführung in R]] (Stand:09.07.2009)
+    * Beispieldatei [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/reads.qual| reads.qual]] (FASTA-ähnliches Format; 80 MB)
+    * Beispieldatei [[/people/rahmann/teaching/ss2009/angebio/q.txt| q.txt]] (Tabelle; 67 MB)
++++ Planung
+  * 16.07.2009: Netzwerke
+  * 23.07.2009: Fragestunde zur Klausur (nachmittags Klausur!)
+*/
+===== Links =====
+==== Allgemein ====
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/|National Center for Biotechnology Information (NCBI)]]
+  * [[http://www.ebi.ac.uk/|European Bioinformatics Institute]]
+  * [[http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/|Bielefeld University Bioinformatics Server]]
+==== Literaturdatenbanken ====
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed| PubMed]]
+    * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp#pubmedhelp.Search_Field_Descrip|Hilfe zu Search Field Tags]]
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=mesh| MeSH]]
+  * [[http://www.pubmedcentral.nih.gov/|PubMedCentral]]
+  * [[http://scientific.thomson.com/products/wos|Web of Science]]
+  * [[http://www.isiknowledge.com/|ISI Web of Knowledge]]
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/|NCBI Taxonomy Home Page]]
+  * [[http://journalseek.net/|JournalSeek]]
+==== Gen- und Proteindatenbanken ====
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/|NCBI]]
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/|Entrez Cross-database Search]]
+  * [[http://www.uniprot.org/|UniProt Knowledgebase]]
+  * [[http://srs.ebi.ac.uk/|Sequence Retrieval System (SRS)]]
+  * [[http://217.169.56.209/nar/database/c| Datenbankliste bei Nucleic Acids Research (NAR)]]
+  * [[http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do| RCSB Protein Data Bank (PDB)]]
+  * [[http://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRINTS| PRINTS Database]]
+  * [[http://www.cathdb.info/| CATH Protein Structure Classification]]
+  * [[http://www.wwpdb.org/| World Wide Protein Databank]]
+  * [[http://genome.ucsc.edu/| The UCSC Genome Browser]]
+  * [[http://pfam.sanger.ac.uk/|Pfam Protein Domains]]
+  * [[http://www.brenda-enzymes.info/|BRENDA]]
+==== Werkzeuge ====
+  * [[http://expasy.org/| ExPASy Proteomics Server]] ([[http://expasy.org/tools/peptidecutter/|PeptideCutter]], [[http://expasy.org/tools/protparam.html|ProtParam]])
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST| NCBI BLAST]]
+  * [[http://www.ebi.ac.uk/clustalw| CLUSTAL]]
+  * [[http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi| RNAfold]]
+  * [[http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet| Dotlet]]
+  * [[http://www.ebi.ac.uk/emboss/|EMBOSS Tools]]
+  * [[http://scratch.proteomics.ics.uci.edu/|Scratch Protein Predictor]]
+  * [[http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/|PSIpred]]
+ ==== Phylogenetik ====
+  * [[http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html|Phylogeny Programs Overview]]
+  * [[http://www.tolweb.org/tree/|Tree of Life]]
+  * [[http://mobyle.pasteur.fr/|Mobyle-Portal]]
+==== Genexpression ====
+  * [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/|Gene Expression Omnibus (GEO)]]
+ ==== Biologische Netzwerke und Pathwayanalyse ====
+  * [[http://www.pathguide.org/|Pathguide]]
+  * [[http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway.html| KEGG Pathway]]
+  * [[http://ecocyc.org/|EcoCyc]]
+  * [[http://www.biobase-international.com/pages/index.php?id=transpath| TransPath]]
+  * [[http://sbml.org/|Systems Biology Markup Language (SBML)]]
+==== Statistische Analyse mit R ====
+  * [[http://www.r-project.org/|Hauptseite des R-Projektes]]
+  * [[http://www.cyclismo.org/tutorial/R/|Ein englischsprachiges R-Tutorial]]
+  * [[http://www.math.ilstu.edu/dhkim/Rstuff/Rtutor.html| Und noch ein weiteres Tutorial]]
+  * R für Windows herunterladen: http://mirrors.softliste.de/cran/bin/windows/base/

Chair 11

Teaching

Research Groups

Differences